De Donkerstraat mag rustig een van de oudste straten van Utrecht genoemd worden. In het jaar 1324 viel deze straatnaam voor het eerst, toen een stadsboerderij werd overgedragen op ene Martijn den Ouden. In die tijd wordt er nog gesproken van de Dunkerstrate. Volgens kadastrale data is de straat echter al veel ouder. Die zeggen namelijk dat het oudste gebouw in de Donkerstraat kan worden gedateerd in het jaar 1200; een huis van 822 jaar oud.

Enkele adressen aan de Donkerstraat zijn aangemerkt als rijksmonumenten, zoals nummer 23 en nummer 25. Deze huizen hebben respectievelijk achttiende en zeventiende eeuwse constructies, met een pui die nog iets later is aangebracht. Ook is het hoekpand aan de Zadelstraat, inclusief kelder, aangemerkt als rijksmonument.

De straat kreeg in 1467 bekendheid vanwege het Huis Zoudenbalch, dat de heer Everard Zoudenbalch hier had laten bouwen. Het monumentale pand is vernoemd naar een van de meest invloedrijke families van het middeleeuwse Utrecht en bestaat uit verschillende gebouwen, die in meerdere jaren in het gebied zijn (bij)gebouwd. Dit machtige Stichtse geslacht was ook in het bezit van stukken grond op Urk, in Emmeloord en in Weert, zo omschrijft geschiedschrijver Van der Monde.

De Donkerstraat was in zekere zin een donkere straat, totdat de heer Zoudenbalch hier verandering in bracht. Hij liet bij het bouwen van Huis Zoudenbalch de straat verbreden. Met deze aanpassing was de naam Donkerstraat minder van toepassing, maar zou toch nog altijd gebruikt worden.